企业股权转让有哪些涉税问题？

股权转让是企业日常经营过程中经常会发生的业务,《中华人民共和国公司法》规定股东有权通过法定方式转让其全部出资或者部分出资.详见第七十一条:有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权以及第一百三十七条关于股份有限公司:股东持有的股份可以依法转让.
简而言之转让股权就是公司的股东把自己的股份给另外一个人,有很多股东在签署股份转让协议办理完工商登记后,并未缴纳相关税费,结果被税务局通知要求自查的情况.殊不知这个转让过程会涉及到印花税、个人所得税、企业所得税等税种.
企业股权转让所立的书据,股权转让方和受让方都要按照产权转移就股权转让书据计贴印花税,适用税率为书据所载金额的万分之五.
如果股权转让方是自然人股东,需要按规定缴纳个人所得税.
《个人所得税法》第三条规定:财产转让所得适用比例税率,税率为20%.第六条规定:财产转让所得,以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额,为应纳税所得额.据此,转让股权所得属于”财产转让所得”应税项目,财产转让所得,以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额,为应纳税所得额,按照20%的税率计征个人所得税.
如果个人转让股权价格公允,与股权投资成本和合理费用之和持平,不缴纳个人所得税.若股权转让价不公允,根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条规定,纳税人申报的计税依据明显偏低,又无正当理由的,税务机关有权核定其应纳税额.
根据国家税务总局公告2014年第67号《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》第十一条符合下列情形之一的,主管税务机关可以核定股权转让收入:
（一）申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的;
（二）未按照规定期限办理纳税申报,经税务机关责令限期申报,逾期仍不申报的;
（三）转让方无法提供或拒不提供股权转让收入的有关资料;
（四）其他应核定股权转让收入的情形.
第十二条符合下列情形之一,视为股权转让收入明显偏低:
（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的.其中,被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的,申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
（二）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
（三）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
（四）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
（五）不具合理性的无偿让渡股权或股份;
（六）主管税务机关认定的其他情形.
比如一个自然人股东A转让给无任何关联关系B其所持有的公司股份50万股（公司实缴资本100万元,A实缴50万元,公司截止转让月份的净资产为200万元）,若股份转让协议上约定转让款为1万元,则税务局即有权认定股权转让收入明显偏低,并对其重新进行核对.根据净资产核定法:股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定.每股净资产为2元,在不考虑印花税等其他合理费用的前提下,A应缴纳个人所得税（200/100*50-50）*20%=10万元.
如果股权转让方是法人企业的,需要按规定缴纳企业所得税.
企业股权投资转让所得并入企业的应纳税所得,依法缴纳企业所得税;
（1）收入.《中华人民共和国企业所得税法》（以下简称企业所得税法）第六条第三项规定,转让财产收入列入企业收入总额范围.《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十六条规定,企业转让股权取得的收入属于转让财产收入.
（2）扣除.根据企业所得税法第八条规定,企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出,包括成本、费用、税金、损失和其他支出,准予在计算应纳税所得额时扣除.就股权转让来说,股权计税成本及与股权转让相关的印花税等税费可以扣除.
（3）应纳税所得额.等于股权转让收入减去股权计税成本后的余额.